1998年3月6日，经中国证监会批准，南方基金管理有限公司作为国内首批规范的基金管理公司正式成立，成为我国“新基金时代”的起始标志。
2018年1月4日，南方基金管理有限公司整体变更设立为南方基金管理股份有限公司（以下简称“南方基金”）。2019年7月24日，经中国证监会核准，南方基金实施了员工持股计划，通过员工持股和股东增资，注册资本增至36172万元人民币。南方基金股东包括华泰证券股份有限公司、深圳市投资控股有限公司、厦门国际信托有限公司、兴业证券股份有限公司、厦门合泽益企业管理合伙企业（有限合伙）、厦门合泽盈企业管理合伙企业（有限合伙）、厦门合泽吉企业管理合伙企业（有限合伙）、厦门合泽祥企业管理合伙企业（有限合伙）等八家机构。
南方基金是国内首批基金管理公司之一。公司在北京、上海、合肥、成都、深圳等地设有分公司，在香港和深圳前海设有子公司——南方东英资产管理有限公司和南方资本管理有限公司。
公司全牌照经营，历经20年发展，南方基金已经发展成为国内产品种类最丰富、业务领域最全面、经营业绩优秀、资产管理规模最大的基金管理公司之一。
截至2018年12月31日，南方基金母子公司合并资产管理规模9987亿元。南方基金母公司资产管理总规模8293亿元，位居行业前列；旗下管理公募基金178只，产品涵盖股票型、混合型、债券型、避险策略型、货币型、指数型、另类投资型、QDII、FOF等，其中公募基金资产管理规模5634亿元，累计向客户分红超过1046亿元，拥有客户数量超过6925万人；南方基金非公募业务管理规模2659亿元，在行业持续保持领先地位。南方资本专户子公司资产管理规模1289亿元，南方东英香港子公司资产管理规模390亿元。